1.準(zhǔn)備工作
檢查試劑與耗材:確保合成儀上所有試劑瓶中的試劑量充足,如保護(hù)堿基的5/—DMT、A、G、C、T亞磷酰胺單體、四唑偶聯(lián)催化劑、乙酐、N—甲基咪唑封閉試劑、三氯乙*(TCA)脫保護(hù)溶液、12氧化混合物、乙腈清洗溶劑、氨水切除溶液等,必要時更換試劑瓶。同時準(zhǔn)備好足夠數(shù)量的清潔收集瓶,并標(biāo)記好用于收集產(chǎn)物。
檢查設(shè)備狀態(tài):仔細(xì)檢查合成儀的各個部件是否完好無損,包括壓力系統(tǒng)、試劑和溶劑儲液瓶、壓力管路及輸送管路、輸送閥塊、柱子、路節(jié)流閥、廢液和排氣系統(tǒng)等是否正常工作。確保儀器的密封性能良好,避免在合成過程中出現(xiàn)漏氣等問題影響合成效率和質(zhì)量。
2.設(shè)置合成參數(shù)
輸入DNA序列:將要合成的DNA序列準(zhǔn)確無誤地輸入到合成儀中。
選擇合成步驟:根據(jù)合成需求選擇合適的合成步驟,并檢查所選步驟是否正確。
確定結(jié)束方法:如果打算以5,—DMT基團(tuán)連接純化寡核苷酸,將結(jié)束方法設(shè)置為TritylOnAuto;否則,保持儀器的原始狀態(tài)TritylOffAuto。
輸入保存名字:在每個柱監(jiān)視器的Username下,輸入希望保存的名字,以便后續(xù)對合成產(chǎn)物進(jìn)行識別和管理。
標(biāo)記收集瓶:以代碼代替相應(yīng)的DNA序列標(biāo)記每一個收集瓶,確保收集瓶與合成產(chǎn)物的對應(yīng)關(guān)系準(zhǔn)確無誤。
3.384合成儀運(yùn)行前的檢查與準(zhǔn)備
打印與核對資料:打印出每一個柱設(shè)置的詳細(xì)資料,并仔細(xì)檢查打印出來的資料是否正確,確保所有設(shè)置符合預(yù)期。
檢查柱位置:運(yùn)行StartColumn步驟檢查每一個柱的位置,確保合成儀上合成柱處于正確的位置。
檢查廢液瓶:查看連接在合成儀上的溶劑殘留(廢液瓶)是否已滿,若已滿則及時清理或更換廢液瓶,以免影響合成過程。
準(zhǔn)備分部收集器:如果使用分部收集器收集每個DMT脫保護(hù)步驟的流出物,要確保試管充分清潔干凈,并打開分部收集器,保證DMT廢液管路通向分部收集器。
4.啟動合成程序
清洗試劑管路:啟動循環(huán),運(yùn)行開始程序清洗試劑管路,除去原來殘留的試劑,為新的合成反應(yīng)做好準(zhǔn)備。
開始合成反應(yīng):確認(rèn)各項(xiàng)準(zhǔn)備工作就緒后,正式啟動合成程序,在合成過程中密切關(guān)注儀器的運(yùn)行狀態(tài),如有異常及時處理。
